Natural de Cabo Frio, Região dos Lagos do Rio de Janeiro, Rafael Navarro começou sua jornada no futebol aos 14 anos, nas categorias de base do Fluminense. Do Sub-15 até o Sub-17 no clube carioca, Navarro teve a honra de vestir a amarelinha e fazer parte da trajetória do elenco que venceria o Campeonato Sul-americano em 2015. O atacante teve uma passagem pelo Sub-20 do Atlético Goianiense em 2018, mas sua estreia profissional só aconteceria em 2020, vestindo a camisa do Botafogo no Campeonato Carioca. No ano seguinte, como artilheiro do time e jogador da Série B com mais participações diretas em gol, o camisa 99 foi peça fundamental para o título e retorno à elite do futebol nacional. Depois do grande desempenho, teve como destino o Palmeiras, pelo qual continuou levantando troféus. Além da Recopa de 2022 e a Supercopa do Brasil de 2023, ele se consagrou duas vezes consecutivas campeão paulista e brasileiro. Na metade de 2023, acabou emprestado ao Colorado Rapids, equipe da Conferência Oeste da MLS. Com o fim do empréstimo, o time estadunidense exerceu a opção de compra e assinou um contrato até 2028.