Formado nas categorias de base no Brasil, mas sem nunca ter atuado profissionalmente em solo brasileiro, Danilo Pereira estreou na categoria principal no Ajax, da Holanda, e passou seis temporadas no futebol do país. O atacante foi tricampeão da liga holandesa, duas vezes com o Ajax e uma com o Feyenoord, além de conquistar uma Copa da Holanda com o Ajax, sendo também artilheiro da competição. Em 2023, Danilo foi contratado pelo Rangers, da Escócia. Em 2026, foi emprestado ao Nijmegen, da Holanda, com o empréstimo sendo repassado ao Botafogo no meio do ano.