Juan é um zagueiro de carreira mundial. Começou a sua trajetória no mundo do futebol nas divisões de base do Flamengo. Em 2002, o zagueiro, cobiçado por grandes clubes europeus, definiu sua transferência para o Bayer Leverkusen, da Alemanha. A partir de 2004, Juan se tornou titular absoluto da seleção brasileira. Participou das conquistas da Copa América, em 2004 e 2007, e de duas Copas das Confederações, em 2005 e 2009. Fora isso, ainda integrou a equipe brasileira que disputou a Copa do Mundo de 2006. Em 2007, após cinco anos no futebol alemão, Juan acertou sua transferência para o Roma, da Itália. Três anos após sua chegada à Itália, defendeu o Brasil em mais uma Copa do Mundo, na África do Sul. Em 2012, após o fim do seu contrato na Itália, o zagueiro multicampeão decidiu retornar ao Brasil, firmando um acordo com o Internacional. Em dezembro de 2015, acertou seu retorno à Gávea, clube que o revelou para o futebol. Pendurou as chuteiras após o título carioca de 2019, já assumindo um cargo no departamento de futebol do Flamengo.