Nascido em Bacabal, no Maranhão, começou a se destacar no futebol na Copa SP de Futebol Júnior, em 2009, sendo um dos principais jogadores da equipe no torneio. No mesmo ano, já subiu para o elenco profissional. Em 2012, foi o jogador que mais entrou em campo pela equipe. Foram 62 partidas em 70 possíveis. No ano seguinte, fez parte de um ano brilhante do clube, quando foram para a final da Copa do Brasil e se classificaram para a Libertadores ao chegarem na terceira posição do Brasileiro, quando Manoel figurou na seleção do campeonato. Em 2014, foi para o Cruzeiro, onde ficou por cinco temporadas seguidas. Em 2019, foi emprestado para o Corinthians. No ano seguinte, teve uma rápida passada pelo Trabzonspor, da Turquia, também por empréstimo, mas logo retornou para o Cruzeiro. Em 2021, se transferiu para o Fluminense, onde está até hoje.