Apesar de ser natural de Limoeiro do Norte, no Ceará, Yago Felipe deu seus primeiros passos no futebol nas categorias de base do Flamengo. Atrás do sonho de ser jogador, deixou sua cidade e a família aos 13 anos para tentar a sorte no Rio de Janeiro. Depois de três anos no clube, passou ainda pelas categorias de base do Botafogo e teve uma rápida experiência no Espanyol, da Espanha. Retornou ao Brasil para vestir a camisa do Figueirense, ainda aos 17 anos. Dois anos depois, em 2014, já fazia sua estreia entre os profissionais do clube, no jogo contra o Joinville, pelo Campeonato Catarinense. Fez parte do elenco bicampeão catarinense (2014 e 2015). Até que, em 2017, foi contratado pelo Vitória. Ganhou rodagem e experiência no clube baiano, que o emprestou ao Goiás para a disputa do Brasileirão 2019. Em 2020, teve o empréstimo repassado ao Fluminense. Depois de 160 jogos e muito destaque com a camisa tricolor, acabou comprado pelo Bahia em fevereiro de 2023.